Чтобы понять, насколько опасными для советской власти были басмачи, достаточно одного примера. В конце 1922 г. басмачи под командованием Селим-паши окружили Куляб, где располагался гарнизон РККА. Далее слово официальной истории Туркестанского округа: «В январе 1923 г, они сделали подкоп, подложили мину и взорвали стену крепости. В образовавшуюся брешь устремились атакующие. Судьбу гарнизона решали минуты. Однако защитники крепости не дрогнули. Они обрушили на врага шквальный огонь пулеметов и винтовок. В течение трех часов шел рукопашный бой у пролома крепостной стены. Потеряв более трехсот человек, басмачи отошли, а 11 января, с подходом отряда 7-го стрелкового полка, сняли осаду города». Остается только добавить, что спустя несколько месяцев Селим-паша благополучно увел своих людей в Афганистан.
Еще через полгода в Бухарскую республику из Персии вместе со своими сторонниками переправился Джунаид-хан и осадил Хиву. Авантюра не удалась, и после кровопролитных боев басмачи бывшего хивинского хана были вынуждены вернуться в Иран. В Ташкенте поспешили объявить, что «басмачество уничтожено совершенно как политическая сила», и ровно через месяц после этого заявления эскадрон РККА попал в засаду и понес тяжелые потери.
В 1924 году в составе Туркестанского фронта Красной армии были созданы национальные узбекские, таджикские, туркменские, киргизские и казахские воинские части. Также новые власти разрешили формировать в лояльных кишлаках племенное ополчение – отряды «краснопалочников». В отличие от царского правительства, большевики не побоялись вооружить местное население. Новые национальные части были переброшены в горы Таджикистана, где закрепились басмачи Ибрагим-бека. В середине 1926 г. этот район был свят под контроль Красной Армии, а Ибрагим-бек, преданный своими соплеменниками, бежал в Афганистан. После этого вдоль всех границы центрельноазиатских советских республик с Афганистаном и Ираном были выставлены погранзаставы. Отныне борьба с басмачами передавалась в ведение ОГПУ, а Туркестанский фронт преобразовывался в Среднеазиатский военный округ. Однако выставление погранотрядов не смогло в корне переломить ситуацию. Впоследствии при переходе крупными отрядами басмачей границы несколько погранзастав были полностью вырезаны.
Сразу после утверждения советской власти в регионе началась аграрная реформа. В Центральной Азии дехкане получали во владение бывшие ханские и частные земли. К началу 1926 г. в Узбекистане были конфискованы и переделены все земельные владения, площадь которых превышала 55 га. Одновременно в Казахстан широким потоком хлынули колонисты, которые расселялись на землях, ранее использовавшихся местным населением под пастбища. В Казахстане в рамках политики «Малого Октября» начались попытки принудить казахов к оседлому образу жизни.
Начиная с 1925 г. большевики развернули наступление на ислам, нанеся удар по вакуфам – землям, обеспечивавшим средства для содержания мечетей и медресе. К 1930 г. вакуфное землевладение, а вместе с ним и экономическая основа существования исламского духовенства в Туркестане было ликвидировано. В 1926 – 1928 гг. в СССР были запрещены полигамия, калым и ношение паранджи. Правительство объявило ничтожными правовые нормы адаты и шариата, введя на всей территории страны единое уголовное и гражданское законодательство. Все это сопровождалось атеистической пропагандой и массовым созданием светских школ с преподаванием на местном и русском языках. Спешно формируемые на основе местных диалектов языки мусульманских народов СССР переводились с арабского письма на латиницу. Подобные мероприятия не могли не вызвать недовольство местного населения и последней каплей стала коллективизация.
Наиболее сильно от принудительной коллективизации сельского хозяйства в регионе пострадал Казахстан. В результате массового вывоза зерна государством и забоя скота местными жителями в республики начался голод. Уже осенью 1929 г. в Казахстане произошло три крупных выступления, которые были подавлены войсками ОГПУ. В сентябре поднялись каракалпаки, которые обратились к находящемуся в эмиграции в Иране Джунаид-хану с просьбой принять их в свое подданство. В феврале следующего года восстал Созакский район Сырдарьинского округа. Пол лозунгом «Да здравствует ханская власть!» повстанцы захватили город Созак. Несмотря на то, что вскоре ОГПУ удалось отбить город, восстание быстро распространялось по республике. На Северо-западе Казахстана сопротивление приняло особо ожесточенный характер. Восставшие смогли отбить атаки брошенной против них армейской кавалерийской дивизии, установили связь с басмачами Ибрагим-бека и ушли в Каракумы. После нескольких безрезультатных попыток выбить казахов из пустыни, большевики выманили повстанцев обманов. Представители ОГПУ подписали с казахами мирное соглашение, но, как только восставшие сложили оружие, их лидеры были арестованы, а остальные переселены в колхозы. Тем временем в республике начался страшный голод. Когда казахам стала ясна бесплодность вооруженной борьбы, они стали сниматься с мест и откочевывать в соседние регионы. На протяжении 1931 – 1932 гг. Казахстан покинуло более миллиона человек, т.е. половина населения республики, причем 200 тысяч откочевали в Китай, Афганистан или Иран. В Центральной Азии коллективизация вызвала новый всплеск басмаческого движения, которое и без этого не затихало ни на минуту. Проводимая большевиками земельно-водная реформа настолько накалила ситуацию в Узбекистане, Таджикистане и Туркмении, что находившиеся в Афганистане и Иране лидеры басмачей смогли развернуть крупномасштабные боевые действия. В начале 1929 г. Джунаид-хан, по-прежнему считавший себя законным правителем Хивы, перебрался из Ирана в Афганистан и вместе со своим сторонниками расположился в окрестностях Герата. Спустя несколько месяцев, когда отряды Джунаид-хана начали проникать в Туркмению, в Афганистане активизировался Ибрагим-бек. Он отверг предложение бывшего правителя Хивы о союзе, решив самостоятельно восстановить Бухарское ханство и посадить на престол бывшего эмира Алим-хана. Одной из главных причин этого стало преобразование большевиками Таджикистана в полноправную союзную республику. Однако новый правитель Афганистана Бачаи-Сакао потребовал от Ибрагим-бека сложить оружие. Покинутый большинством своих афганских сторонников, он вынужден был воевать на два фронта, с афганцами и вторгнувшимися в страну частями РККА. В результате афганцы вытеснили Ибрагим-бека на территорию СССР, где в тяжелых боях с Красной Армией он потерял всех своих людей и весной 1931 г. был убит. Дела Джунаид-хана складывались куда более удачно. С начала 1930 г. его отряды постоянно проникали на территорию СССР, нападая на гарнизоны и прикрывая отход местных жителей в Афганистан. В апреле 1931 г. сторонники Джунаид-хана перешли граничу и расположились в песках Какакума. Сам хан перебрался в Иран, поскольку правительство Афганистана, не желая потерять свои северные провинции, объявило басмачам войну. В июне у колодца Чагыл в каракумских песках басмачи собрались на съезд племен и создали правительство, которое возглавило борьбу с большевиками в Туркмении. Только спустя три месяца в результате совместной операции армии и войск ОГПУ с использованием бронетехники колодец Чагыл был взят. Боевые действия в песках продолжались до конца 1933 г., когда Москва смогла официально заявить, что басмачество в Средней Азии разгромлено. Однако это заявление было пустой декларацией. Вплоть до смерти Джунаид-хана в 1938 г. отряды басмачи переходили границу и вели бой с пограничниками и милицией.
